Программное обеспечение
В поставку компьютера были включены кассеты с программами:
Загрузчик, редактор и ассемблер, дизассемблер, отладчик, редактор текстов, графическая программа, Быстрый счёт, Удав, Ксоникс, Тетрис, Пэкман, Лестница, Клад, Цирк
Бейсик
Выпуск 8: Микалк, редактор и ассемблер, дизассемблер, Теннис, Хоккей, Бармен, Муравейник, Мешанина
Выпуск 13: PASCAL, макроассемблер с отладчиком, Диггер, Boulder Dash, Паника, Реверси, Покер, Уголки
Выпуск 15: монитор ОЗУ, редактор структурных текстов, Шашки, RISE, XTRO, PAC-HALL, Пятнашки
Отличия от Радио-86РК
Несмотря на заявленную программную совместимость с Радио-86РК, Микроша имеет ряд аппаратных и программных отличий, из-за которых прямое использование ПО от Радио-86РК становится не всегда возможным, требуется адаптация:
Внутренние устройства имеют другие адреса. Все они находятся в верхних 16 КБ адресов, вместо верхних 32 КБ в РК.
Знакогенератор имеет вдвое больший размер, добавлен кириллический шрифт с прописными и строчными буквами (одновременное использование символов из двух наборов невозможно).
Добавлен таймер КР580ВИ53 для генерации звука и других целей.
Скорость и формат ввода-вывода на магнитную ленту отличается.
Программа встроенного Монитора изменена с учётом вышеперечисленных отличий. Также в ней отсутствуют некоторые функции ввода-вывода, имевшиеся в РК.
Таким образом, возможно использование только тех программ, которые не обращаются ко внутренним устройствам напрямую. Для загрузки программ в формате РК и последующего сохранения их в формате Микроша использовался Монитор-загрузчик. Он загружался в ОЗУ с адреса #5800, и позволял загрузить программу в формате РК, после чего штатным Монитором Микроши производилось её сохранение.